水质细菌快速检测仪的工作原理依赖于生物化学过程中的荧光信号生成。ATP（三磷酸腺苷），作为生命体系的基本能量载体，在各种生物体内普遍存在，其浓度与生物负荷，特别是微生物数量紧密相关。在特定的水质细菌快速检测过程中，通常会利用一种特殊的ATP采集拭子，该拭子中含有能够破壁释放细胞内ATP的试剂成分。一旦接触到水样中的微生物，拭子内的试剂就能有效地破坏微生物细胞膜，释放出胞内的ATP。接下来，这些释放出的ATP与拭子内预置的特异性荧光素酶发生特定化学反应，这个反应会伴随着光的发射，且所发出荧光的强度与ATP的浓度直接相关。因此，通过对荧光强度的精确测量，就可以间接评估水质样品中微生物或其他生物残留的总量。